有区别的：
一是覆盖人群不同。城镇职工医保主要覆盖用人单位或从事个体经济的在职职工和退休人员。新型农村合作医疗主要覆盖具有农村户籍的居民
二是缴费标准及来源不同。城镇职工医保由用人单位和职工个人共同缴纳，不享受政府补贴。新型农村合作医疗缴费主要由农民个人缴纳和政府财政给予补助
三是待遇标准不同。新型农村合作医疗由于筹资水平较低，医疗待遇标准总体上低于职工医保。四是缴费要求不同。城镇职工医疗保险设立最低缴费年限，达到缴费年限(男25年、女20年)的，退休后不再缴费即可享受基本医疗保险待遇新型农村合作医疗终身缴费，不缴费不享受待遇。
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