《火影忍者》中，自来也对战佩恩是在349-353集。在这几集中，最初自来也以为眼前的佩恩就是预言中的内变革者，做出“选择”的时刻已经到了。为了打倒昔日亲手调教出来的徒弟，自来也抱着某种觉悟展开了攻击，他先运用通灵之术召唤出蛤蟆健来对抗同样也使用通灵之术的佩恩，而佩恩因为拥有传说中的轮回眼，自来也决定发动仙人模式。
成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而牺牲。但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密。
自来也是火之国木叶隐村的“三忍”之一，三代目火影猿飞日斩的弟子，四代目火影波风水门、长门、弥彦、小南、七代目火影漩涡鸣人的师父，被鸣人视为一生中最敬重的人。他指导鸣人修行，在鸣人成长的道路上起到重要作用。后到雨忍村刺探情报，结果不幸死于“晓”首领佩恩之手。
《火影忍者》相关介绍
电视动画《火影忍者》改编自日本漫画家岸本齐史的同名漫画，故事成功地将原本隐藏在黑暗中，用世界上最强大的毅力和最艰辛的努力去做最密不可宣和隐讳残酷的事情的忍者，描绘成了太阳下最值得骄傲最光明无限的职业。